O Ensino Fundamental inicia-se aos 6 anos de idade e está organizado na oferta, pelas Unidades Escolares, dos Anos Iniciais, que atendem aos primeiros cinco anos (do 1º ao 5º ano), e Anos Finais, que atendem aos quatro últimos anos (do 6º ao 9º ano).
Planejar, coordenar e implementar políticas e diretrizes educacionais para o Ensino Fundamental são os principais objetivos dessa frente de atuação. É coordenada pela professora Carla Celestino e se divide nas Gerências de Leitura (GEL), liderada pela professora Martha Rocha Guimarães, Alfabetização e Anos Iniciais (GAI), liderada pela professora Larissa Manhães, e Anos Finais (GAF), liderada pelo professor Pedro Bárbara. O Ensino Fundamental cuida do planejamento e implementação do currículo e coordena diferentes ações e projetos de alfabetização, correção de fluxo, reforço escolar e recomposição da aprendizagem, além de produzir os materiais e recursos didáticos utilizados pela rede.
